Das Backrohr auf 180 °C Ober-Unterhitze vorheizen. Den Kürbis halbieren, entkernen und in Würfel schneide. Kürbis mit 2-3 EL Olivenöl mischen, auf ein mit Backpapier belegtes Backblech legen und für ca. 25 Minuten backen.
Anschließend den Kürbis kurz abkühlen lassen und danach pürieren.
In einem großen Topf Milch, Butter und Makkaroni zum Kochen bringen. So lange kochen, bis die Nudeln al dente sind. Hat bei mir etwas mehr als 10 Minuten gedauert. Ihr müsst immer wieder gut umrühren, damit die Nudeln nicht am Boden des Topfen kleben bleiben.
Danach den Käse einrühren und das Kürbispüree unter die Nudeln mischen. Alles mit Salz, Pfeffer und Muskatnuss würzen. Gut umrühren.
Das Backrohr wieder auf 220 °C vorheizen. Die Nudelmasse in eine Auflaufform füllen. Mozzarella, Parmesan und frischen Thymian darüber streuen und für 10 - 15 Minuten backen (bis der Käse Blasen wirft).